«Не менее тысячи поколений рыцарей-джедаев охраняли мир и справедливость в Старой Республике. Вплоть до тёмных времён. Времён Империи. Юный джедай по имени Дарт Вейдер, тоже мой ученик, обратился во зло, помог Империи выследить и убить джедаев.»
Официально истребление джедаев началось с момента ввода приказа 66, после неудачной попытки Мейса Винду и трёх других джедаев арестовать верховного канцлера Палпатина, который оказался лордом ситов Дартом Сидиусом. Джедаи были объявлены врагами Республики, и Великой Армии Республики было приказано уничтожить их.
Дарт Сидиус, теперь уже ИмператорГалактической Империи, использовал своего нового ученика Дарта Вейдера и других агентов Империи, для того, чтобы выследить и убить оставшийся в живых джедаев. Некоторые джедаи сражались с Империей до самой смерти, например, Роан Шрайн в конклаве на Кесселе. Другие прятались от Империи, как Оби-Ван Кеноби и Йода.
Роан Шрайн был спасён клоном по имени Клаймбер (Скалолаз) вместе с джедаем Бол Шетак и её падаваномОли Старстоун, но погиб во время нападения Империи на Кашиик.
Эчуу Шен-Джон в 22 ДБЯ ушёл в изгнание на планету Крант. После объявления Приказа 66 скрывался от имперских штурмовиков, но позже был убит Дартом Вейдером.
Селеста Морн, рыцарь-джедай со времён Мандалорских войн, была погружена в стасис на планете Джаббл. Была освобождена Дартом Вейдером. Осталась в одиночестве на всеми забытой луне.
Оби-Ван Кеноби отправился в изгнание на планету Татуин, чтобы приглядывать за Люком Скайуокером.
Йода после тяжёлой битвы с Дартом Сидиусом на Корусанте добровольно отправился в изгнание на планету Дагоба.
Мастер Зао не участвовал в боевых действиях Войн клонов по причине слепоты и миролюбивого характера. Это не мешало ему быть очень мудрым и славиться своими изречениями. После исполнения Приказа 66 он помогал многим выжившим джедаям.Мастер Зао
Кай Худорра и Нойра – падаван его погибшего товарища. Они выжили благодаря тому, что учитель Нойры приняла на себя весь огонь клонов, выиграв время для того, чтобы Худорра и Нойра скрылись. Приказ 66 застал их на планете Туула во Внешнем Кольце.Дасс Дженнир
Дасс Дженнир во время чистки был на планете Новый Плимпто. Он выжил благодаря местным аборигенам-нозорианцам, и, в частности, Бому Гринбаку, который впоследствии стал хорошим другом Даса.
Куинлан Вос выжил в ходе выполнения задания на Кашиике вместе с мастером Ундули, хотя и получил значительные травмы после взрыва танка. Вос никогда не доверял клонам, и это спасло ему жизнь.
Каллиста спаслась вместе с другими младшими джедаями. Когда она пыталась обезвредить станцию «Око Палпатина», её душа слилась с центральным компьютером боевого спутника. Спустя 30 лет была обнаружена Люком Скайуокером.
Эмпатойайос Бранд выжил после чистки, но был смертельно ранен. От смерти его спасли ганатанцы, кибернезировавшие его части тела. После этого он стал их королём.
Ууд Бнар был погружён в анабиоз на Оссусе примерно за четыре тысячи лет ДБЯ, поэтому выжил.